W każdej jednostce, również w organizacjach pozarządowych, bardzo ważne jest przestrzeganie zasad przechowywania i ochrony dokumentów księgowych. Warto też podkreślić, że często dokumentacja rachunkowa jest jednocześnie dokumentacją podatkową, często kadrowo-płacową, zatem do zasad jej przechowywania w praktyce mają zastosowanie nie tylko przepisy prawa bilansowego.