Dane umieszczane w treści e-faktury wystawianej w systemie KSeF dzielą się na trzy główne kategorie (rodzaje pól do wypełnienia), które można wydzielić na podstawie struktury logicznej FA(3). Podział ten wynika bezpośrednio z konstrukcji schemy XML i ma kluczowe znaczenie dla poprawności faktury oraz jej zgodności z przepisami. Należy bowiem pamiętać, że treść e-faktura musi zgadzać się ze schemą.

W ramach dobrowolnego KSeF nie jest możliwe dołączanie do faktur ustrukturyzowanych dodatkowych plików (np. w formacie PDF lub JPG) jako załączników. Co za tym idzie, dokumenty takie jak CMR, zamówienia, protokoły odbioru czy inna dokumentacja związana z transakcją muszą być wysyłane poza KSeF, np. e-mailowo.

Najnowsza wersja schemy e-faktury FA (3) została opublikowana przez Ministerstwo Finansów 25 czerwca 2025 r. w Centralnym Repozytorium Wzorów Dokumentów Elektronicznych (CRWDE) na ePUAP i obowiązuje od 1 lutego 2026 r. jako standardowy format w Krajowym Systemie e-Faktur (KSeF) (https://ksef.podatki.gov.pl/ksef-na-okres-obligatoryjny/struktura-logiczna-fa-3/). Wcześniej stosowało się sche-mat FA (2).

Jednym z częściej pojawiających się pytań od momentu ogłoszenia informacji o wprowadzeniu KSeF jest to dotyczące różnicy między tradycyjnym numerem faktury a numerem nadawanym przez system KSeF. Przedsiębiorcy zastanawiają się, czy numer KSeF zastępuje dotychczasowy numer faktury, czy też funkcjonują one równolegle.